สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดพะเยา ตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2555 ตามประกาศคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน เรื่อง การแบ่งส่วนราชการและอำนาจหน้าที่ภายในของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. 2555 ประกาศ ณ วันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555 โดยประกาศดังกล่าวเป็นการปรับปรุงโครงสร้างสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน โดยการปรับปรุงโครงสร้างองค์กรครั้งนี้นับเป็นการเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญขององค์กรตรวจเงินแผ่นดินไทย ที่พยายามให้การตรวจสอบเป็นไปอย่างครอบคลุมทั่วถึง โดยการตั้งสำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัด 76 จังหวัด (ยกเว้นกรุงเทพมหานคร) มีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นหน่วยปฏิบัติการตรวจสอบเชิงพื้นที่ที่สามารถเข้าถึงหน่วยรับตรวจได้รวดเร็ว ทันกาล และครอบคลุมหน่วยรับตรวจที่เป็นองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ซึ่งเดิม เขตพื้นที่จังหวัดพะเยา เป็นหน้าที่รับผิดชอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินภูมิภาคที่ 9 (จังหวัดลําปาง) สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดพะเยา ตำบลเวียง อำเภอเมืองพะเยา จังหวัดพะเยา
